En los tres años escasos que le quedan de vida, mientras se construye el Colegio, el Cardenal Albornoz dicta las disposiciones por las que deberá regirse. El 23 de agosto de 1367, víspera de su muerte, agrega al testamento un codicilo, por el cual autoriza como propias las instrucciones dadas a sus albaceas. Estos declaran el 12 de mayo de 1368 que proceden a recoger en los Estatutos las últimas disposiciones recibidas de viva voz del Cardenal. Con la aprobación de Urbano V por Bula de 25 de septiembre de 1369 cobra plena personalidad jurídica el Colegio de España.
No conocemos esa primera versión de los Estatutos, pues bien pronto Gregorio XI mandó a uno de los redactores (el obispo de Cuenca don Alonso) remediar sus erratas, oscuridades y deficiencias: así corregidos, el mismo pontífice los promulgó el 20 de noviembre de 1377. De cada treinta colegiales, dieciocho deberían ser canonistas, ocho teólogos y cuatro médicos; a falta de candidatos de estas disciplinas podrían concederse las becas a estudiantes de cualesquiera otras. Designarlos correspondía – y corresponde – al jefe de la casa de Albornoz y a determinadas diócesis españolas; hoy administra tales derechos de presentación la Junta de Patronato, que atribuye las becas por Concurso Nacional de méritos.
El Colegio de España pasó a llamarse «Real» el seis de enero de 1530, cuando Carlos I de España y V de Alemania – pocos días antes de ser coronado Emperador – le otorgó la Protección Regia. Protección que, uno tras otro, han renovado los sucesivos monarcas españoles.
Hoy la fundación de Don Gil es el único de los colegios universitarios medievales que subsiste en la Europa continental. También puede considerarse la más antigua institución española en absoluto, pues como tal se creó y se llamó un siglo y medio antes de la unión de los distintos reinos que integran España. Naturalmente, su historia no está exenta de momentos difíciles: en los tres últimos siglos ha padecido no pocos intentos de usurpación y asaltos de desamortizadores varios, pero siempre tuvo quien supiera defenderlo.
Pese a esas adversidades, el Colegio conserva la mayor parte de sus propiedades originarias, empezando por el edificio ideado por el propio Don Gil, que hoy grandes estudiosos de la historia de la arquitectura ven cual primer anuncio del Renacimiento. Se mantiene exclusivamente con cargo al patrimonio que le legó el Cardenal, sin recibir subvenciones ni ayudas de ninguna especie.
Alberga unos dieciseis becarios en régimen de absoluta gratuidad que cursan el Doctorado en cualquiera de las Facultades de la Universidad de Bolonia: no han de ser necesariamente juristas, aunque así lo crea una opinión tan difundida como equivocada. El ejemplo de muy ilustres colegiales antiguos (San Pedro de Arbués, Elio Antonio de Nebrija, Juan Ginés de Sepúlveda, Antonio Agustín…) y modernos (demasiado abundantes para mencionarlos aquí) quizá sea su mayor estímulo para dejar siempre bien alto el nombre con que son conocidos: los bolonios.