La Junta de Patronato del Colegio de España ofrece anualmente becas para que jóvenes licenciados o graduados universitarios, españoles y portugueses, realicen sus estudios de doctorado en cualquiera de los cursos ofrecidos por la Universidad de Bolonia, siendo posible obtener el título de «Dottore europeo di ricerca» (doctor europeo de investigación).

La beca se concede por dos años para los aspirantes que hayan cursado el primer curso de doctorado en una universidad de España o extranjera, incorporándose directamente en el segundo año de doctorado de la Universidad de Bolonia. También se puede conceder una beca por tres años, cuando el aspirante haya cursado sólo un Grado y Máster, en cuyo caso se incorporaría al primer año de doctorado de la Universidad de Bolonia, realizando así el ciclo completo.

La Universidad de Bolonia permite suscribir convenios de cotutela internacional con expedición del doble título de doctor por ambas universidades, reconociendo codirecciones para incluir a profesores de universidades extranjeras en la dirección de las tesis junto al profesorado Unibo.

El periodo de estancia en el Colegio será de un máximo de seis meses al año, en función de los programas y proyectos de investigación de cada doctorando.

Las tesis se presentan y defienden, como mínimo, en dos lenguas oficiales europeas, y su lectura se realiza, previo informe favorable y evaluación de dos expertos externos, ante un tribunal internacional en un solemne acto académico que tiene lugar en la Biblioteca histórica del Colegio de España.